纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激情的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。他们神勇无比、所向匹敌，在多次行侠仗义后，与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织展开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。
话说在纽约市的下水道之中住着四只功夫高强的忍者龟，它们跟随着忍者师父—一只来自日本的超级大老鼠。一次偶然机会，它们救了一名正义的电视女记者，她也成为了唯一知道忍者龟藏身处的人。在多次行侠仗义后，他们与城市里的一个神秘组织结怨。这个组织招募了很多无知的青少年，教他们功夫，同时也指示他们做坏事。
在神秘组织的一次突袭后，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。
这个时候，女记者的上司又抱怨儿子经常夜不归宿。原来他也已经参加了那个组织。而在看到神秘组织领导对待老鼠老师的凶残后，少年跑来通知了忍者龟，并告诉了他们神秘组织的藏身地。而老鼠老师这个时候也听出，那个总是戴着面具的神秘组织头目，就是多年前在日本杀死自己主人的坏蛋。最终，忍者神龟们齐心合力，救出了自己的老师，彻底粉碎了神秘组织，而他们，也成为了少年们心中的英雄，成为了他们的新偶像。
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