五年的追逐化为泡影，随着X档案的关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸还是夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的指摘。然而事后不久，穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，所谓爆炸案不过是某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的研究，并且他们的研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步
本片为同名美剧的第一部剧场版。
制作故事：
在剧中扮演FBI女探员斯考利的吉莲·安德森不但同杜楚尼一起赢得了1993年的金球奖，而且还摘得了当年的艾美奖和土星奖。在安德森看来，斯考利与穆德的关系简直让人着迷，虽然他们的个性存在差异，但他们是平等的，在合作中，两人形成了一种柏拉图式的关系，他们之间有爱、有尊敬、有关怀。在电影中，斯考利与穆德的关系将得以更进一步。
卡特之所以能创造出错综复杂的故事，是因为深受特殊年代经历和他所喜爱的电影电视剧的影响，其中包括《细蓝线》、《沉默的羔羊》和短命剧集《恶夜狂魔》（Kolchak：The Night Stalker）等等，而发挥关键作用的是1976年的《总统班底》。他说：“水门事件是我经历过的最重大的政治事件，它甚至改变了我的政治意识。对于16、7岁的少年来说，失去对政府的信任会让他非常苦恼。”于是，在《X档案》中，卡特寄希望于穆德和斯考利，两人只有通过坚持不懈的努力才能将政府隐瞒的真相公诸于世。
卡特请来曾参与制作《侏罗纪公园》、《魔域奇兵》、《星球大战第六集：武士复仇》、《回到未来2》和《回到未来3》的拉塔·瑞安（Lata Ryan）担纲本片执行制片人，瑞安不仅专注于本职工作，还为剧组带来了众多顾问和专家，其中包括情节串连图板绘画师、航空协调人、昆虫专家和特技、视觉特效及生物效果技师。
影片评价：
典型的美国科幻动作大片。大卫·杜齐尼、吉丽·安德森主演。外星人在地球留下了病毒，某些地球人和外星人勾结，两个FBI的探员试图寻找真相，结果女主角不幸中了病毒…… “情理之中”。 但是显然是大成本的。场景除了美国，还有南极洲冰原、非洲大沙漠…… 外星人的形象甚是恶心。 好像没什么其他可说的了。
X档案电影版-征服未来衔接剧集第五季第六季，是X档案剧迷不该错过的一部美剧改编电影。X档案开播于1993年，那年我呱呱坠地，二十年后我才知晓这部风靡90年代的经典惊悚类美剧。相较于当下热门的同样取材于惊悚恐怖类美剧The Blacklist，X档案的情节和剧集的暗色调更加吸引我(相信很多剧迷和我一样，被Red红爸的表演吸引，女主角的浮夸演技和弱智设定让人很无奈)。
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