未来世界，感染了X病毒的恶魔党携带威力强大的赤盾出现在地球各个角落。仅仅是七天的时间，地球一半的领土便宣告陷落。人们流离失所，躲在最后的保留地苟延残喘。国际科学技术厅（ISO）的南部博士（岸谷五朗 饰）发现一种神秘的石头可以赋予特定人群以强大的力量，而力量提升后的超级战士正是阻挡恶魔党的不二人选。在此之后，鹫尾健（松坂桃李 饰）、大月纯（刚力彩芽 饰）、大月甚平（滨田龙臣 饰）和中西龙（铃木良平 饰）等人得到ISO的发掘，经过连番常人难以想象的特训，他们成长为对抗恶魔党的科学忍者队战士。某次战斗后，健的老友浅仓乔治（绫野刚 饰）加入进来，他们奉命去保护恶魔党逃亡过来的头目伊利亚（中村狮童 饰），以期获取Last Suicide计划的详情。
面对这个有着深仇大恨的敌人，健和乔治的内心悄悄发生着变化。
幕后制作：
这次的真人电影版《科学小飞侠》，除了是日活电影公司100周年，也是日本电视台开台60周年，以及原作制作公司“龙之子”50周年的纪念作品。 影片将时空设定在21世纪初，现代平行时空中的近未来，这群科学小飞侠将更具想像力地被安置在我们的真实世界当中。 故事探讨当人类具备有如超人的能力时，“义务”与“责任”的意义，透过这个世界观，也体现出拥有能力之人的残酷命运，以及面对善恶之间的胶着，当然也更具娱乐性地呈现这些大哉问。 值得一提的是，全片充满大量特效与动作场面，由以精湛视觉技术打造出《Always幸福的三丁目》昭和复古街景的「白组」特效工作室担纲，呈现出空前绝后让观众目不转睛的战斗场面，不论是惨遭摧残的东京街景，或是让人惊叹的巨型移动要塞，也绝对是要进戏院大银幕，才能深刻体验的最大看点。
至于饰演五位“科学小飞侠”的演员，也全是日本新生代演员的一时之选：松坂桃李饰演尽责的队长“一号铁雄”、绫野刚饰演拥有悲剧性格的“二号大明”，两人在片中不仅飞檐走壁，更有大量帅气不已的武打动作。 近期迅速窜红、并成为“2013年上半年广告总量排行榜”冠军的刚力彩芽，则饰演团队中唯一女性“三号珍珍”;被众多帅哥包围的她，也是首次演出动作电影。 曾在《黄色大象》有可爱演出的滨田龙臣，这回饰演擅长破解电脑程式的“四号阿丁”;以《疯狂假面》轰动全亚洲的铃木亮平，则饰演拥有一身怪力，却又心地善良的“五号阿龙”。 此外，本片更加入光石研、初音映莉子、中村狮童、岸谷五朗等实力派演员共同演出，也让整部电影洋溢熠熠星光。
电影评价：
我要说一下，大家最好不要过于期待（不是不要期待）好莱坞还是日本的日系英雄或科幻漫画真人版，因为日系的英雄或科幻漫画真人版搬上银幕有这几个制约要素：
1.现有美国八大电影公司往往听命于背后的娱乐集团，比如漫威娱乐公司和DC漫画就已经分别被华特迪士尼或时代华纳传媒集团吞并为子公司，他们旗下的各项业务因而也成为华特迪士尼或时代华纳传媒集团的一分子，把漫画拍成电影，扩大漫画受众面之后，就可以顺利成章的出玩具、出原声、出影碟、出游戏乃至在迪士尼乐园增加新的娱乐项目。而索尼在迪士尼收购漫威之前，跟漫威达成协议，平摊蜘蛛侠品牌的一切相关收益。所以大家看到好莱坞不断地刷超级英雄，或者把拍烂的超级英雄重启。
2.与日本经济不景气有关，日本经济景气良好时，日本本国电影能拿到40-50亿日元的预算，现在却只能拿到单部20亿日元左右的最高值。常年的经济不景气直接影响了电影公司的基础设备，日本最大的东宝片场，其单个摄影棚面积均在1000平米左右，比日影黄金时代大幅回缩。同样，好莱坞的日资影片数量，相比九十年代出现了大滑坡。除了索尼以外，以往投入好莱坞拍片的东映（投拍《哭泣杀神》）东芝（尚格云顿的《时空特警》为东芝公司投拍）、松下（收购环球影业）纷纷撤退，日本资本的弱势化使得好莱坞在对待日漫题材上随心所欲，比如华纳兄弟想把《阿基拉》的预算从两亿美元削减到九千万美元，比如福克斯弄出来的那部龙珠全面渣化。
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