在一所监狱，彪悍好斗的香月史郎（安藤政信饰）被绳子勒死，与他有暧昧传言的有吉淳在一旁反复叨念是他杀的。警察开始调查这桩奇特的凶案。有吉淳（松田龙平饰）原是一名在GAY吧打工的男妓，遭客人虐待后，将其杀客人，由此被投入牢房。而香月史郎是在不良环境中长大的男子，打死人并和有吉淳在同一天被押入监狱。性格截然相反的他们关系却十分亲密，在狱中香月一直充当着有吉的保护人。有吉发现金字塔和火箭，看见三重彩虹……
囚犯们证词杂乱无章，调查毫无头绪，新调来的监狱长似乎也与这起事件有关，事件的真相藏在迷雾之中。
剧情版本二：在一所监狱的混合牢房中，一名少年正骑在一名青年身上用绳子勒紧他的脖子。看管发觉后立即将少年拉开，但那名青年已经断了气。行凶后的少年神情冷漠，只是反复叨念着：“我做到了，我做到了……”
两名警察开始调查这桩奇异 的杀人事件。行凶者有吉淳原是在GAY吧打工的男妓，在遭客人虐待后将其杀死，由此入狱。而被害人香月史郎则是一个在不良环境中长大的混混，从小就打架抢劫无恶不作，最终打死了人。他和有吉在同一天被押入这家监狱。沉默冷淡的有吉和粗暴易怒的香月性格正相反，但两人的关系却十分亲密。在狱中，香月一直充当着有吉的保护人。
为何有吉要杀死善待自己的香月？两名警察围绕杀人动机之谜继而展开了进一步探查。而狱中囚犯们的证词杂乱无章，甚至相互矛盾。新调来的监狱所长似乎也与这起事件有关，数年前其妻被香月施暴后自杀，因而他一直对香月怀恨在心。
事件的真相仿佛深藏在迷雾之中，有吉的真意究竟是什么呢？
影片评价：
《46亿年之恋》没有一般性的叙事，更无伤情的恋爱情节，如喃喃自语般的影片在有些人眼中不知所云，但另一些观众眼中，它又是一部打破常规极具独立性的电影，追求故事的完整性加入了银谷和淡幽的感情戏，但就影片本身来看，在极低的成本之下却呈现出了极美的视觉效果，仍不失为一部风景如画，优雅脱俗，有着丰富想象力和构筑出一部风格奇特的电影 。（搜狐网评）
该片证明了三池崇史是二十世纪最具艺术性的导演。这部作品向那些认为电影已经来到穷途末路的人们唱响了希望之诗 。
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