宦官专权的明朝中叶，东厂曹少钦（甄子丹）假造圣旨杀害了忠良杨宇轩，并想斩草除根杀死其后代。侠女邱莫言（林青霞）、江湖义士贺虎等人冒死救出忠良后代后，逃至边关沙漠里的龙门客栈，与杨宇轩部下周淮安（梁家辉）会合。龙门客栈实则黑店，老板娘金镶玉（张曼玉）利用乱世，以美貌和风骚 作诱饵杀人越货聚敛钱财，但她却为英俊潇洒的周淮安动了真心。为了摸清潜藏于龙门客栈中的出关暗道，周淮安将计就计，答应与金镶玉成亲。
洞房花烛夜，楼上的周淮安与金镶玉各怀心事暗中较劲，楼下的邱莫言、贺虎等人也与东厂一众“走狗”展开了明争暗斗，战事一触即发。
幕后制作：
剧组演员吃苦耐劳
吴思远表示，当年《新龙门客栈》的主角们都没架子：“他们都很谦虚，这部戏是在甘肃的沙漠里面拍的，条件非常恶劣，风吹来大家没地方躲，只好面对面靠在一起，用背挡沙子。一阵风过去，嘴巴、鼻子里全都是沙子。晚上回宾馆洗完澡，甩甩胳膊，摇摇脑袋，还是有很多沙子掉下来，根本洗不干净。就这样的条件，几个大明星几乎都是独自进组拍摄，顶多带一个助理。哪像现在，一个明星随便到哪里都要带一大群人，有时候我想这究竟是进步还是退步？”
林青霞未完成影片
林青霞在给《南方周末》撰写的专栏《我哭了大半个中国》中，回忆了自己在敦煌拍《新龙门客栈》时发生意外。原来当时拍摄竹剑飞向林青霞脸部特写时，有根竹子打到了她的眼睛，导致眼膜破裂。为了赶进度林青霞忍痛拍完，当天晚上便在酒店疼到哭。虽然监制徐克、制片人施南生都劝林青霞带伤继续拍摄，但她还是决定回香港治疗。在回港的飞机上她写道：“我把脸埋在草帽里，一路耸着肩膀哭回香港。传说孟姜女为寻夫哭倒长城，我是因为《新龙门客栈》哭了大半个中国。”后来，《新龙门客栈》中林青霞未完成的镜头由替身补拍完成。
电影评价：
江山笑，烟雨遥，涛浪淘尽红尘俗事几多娇。作为男人，十五年时光让我从少年步入青年，但是金镶玉、邱莫言这两个女人的笑颜一直驻留我脑海挥之不去。金镶玉，或许是“玉在匣中叹，金钗土里埋”，也许是“金壁生辉玉玲珑”；邱莫言，也许是她希望和周淮安“记取年时，头白成双唱旧词。莫言秋晚，五日小春黄菊绽。”但是不是于我又有什么关系呢？周淮安说，龙门客栈，我再也不想看见你这里的落日。可是，我却不断地回首，回望龙门客栈的残阳，迎接金镶玉邱莫言刺向我的温柔一刀。
继续寄语85后和90后，你们怎么听不出好话坏话来呢？我哪儿是在骂你们？这是同情你们好不好！除了广东的朋友，你们其他人在影院里看过《白发魔女传》、《狮王争霸》、《刀》这些真金白银的新武侠经典吗？没有吧？你们都是看着《英雄》、《夜宴》、《黄金甲》这些塑料“大片”成长起来的吧？哪怕喜欢新武侠，看的也是DVD吧？我手把手告诉你们这修复版哪儿不够好，催你们去电影院看，总不至于是在坑你们吧诸位？你们说呢？
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