2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。
斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。
电影评价：
宇宙是一个值得敬畏的存在，不仅浩瀚无垠，也包罗万象，虽有用目前的科学能够解释的现象，但更多的仍是未知。今人的智慧是有限的，宇宙却是无限的，这便又回到了「星际迷航」系列的母题：需要一代又一代的人去不断探索宇宙，寻找文明，散播和平与理解。
在第二部中斯巴克死亡，在这一部中斯巴克又因为创世星而重生，但是创世计划是一个有着瑕疵的计划创世星急速衰老即将走向毁灭，蔻克舰长，盗取了即将被退役的企业者号，从创世星上将斯巴克救回，并将其带回他自己的星球，大祭司恢复了斯巴克的灵魂，斯巴克又回来了。只不过蔻克自己的孩子死在了创世星上。 总体上说这一部没有非常特别的技术出现，也没有特别难理解的地方算是中庸吧。
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